有人根本就不相信幽灵潜艇的存在，认为所见到的那些物体其实只不过是一些体形非常巨大的鱼类。也有人认为，这些幽灵潜艇其实是来自外太空。大连旅顺潜艇博物馆，而有人则认为这些智慧生物可能从古至今就一直生活在海底中，它们同我们人类一样，是地球人的一支。持这种观点的人强调说，人类起源于海洋，当人类进化时，很可能一部分上了岸，一部分则仍留在水中，并且发展出了比陆地上的同类更先进的文明。还有人认为，USO只是大气折射产生的幻影。

幽灵潜艇到底是什么？海底人类到底存不存在？这些谜团可能还会在相当长的一段时间内困扰着我们。但我们相信，随着科学的发展，这些神秘的幽灵潜艇一定会现出它们的“真相”。

相当多的人认为幽灵潜艇是居住于海洋中的高等智慧生物所制造出来的交通工具。